แม้ว่าโครงการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพจะดำเนินการตามระเบียบวิธีวิจัยที่กำหนดไว้ในคู่มือการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพสำหรับประเทศไทยอย่างเคร่งครัด ทว่ายังมีข้อสงสัยเกี่ยวกับแนวทางการดำเนินงานวิจัยว่าเป็นไปตามหลักการเพื่อการอภิบาลที่ดี (good governance) หรือไม่ ซึ่งอาจเกิดจากการขาดแนวทางในการดำเนินงานวิจัยอย่างเป็นทางการ ดังนั้นโครงการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพจึงพัฒนาคู่มือการดำเนินงานวิจัยด้านการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพขึ้นในปี 2555 แนวทางการดำเนินงานวิจัยด้านการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพของต่างประเทศถูกนำมาทบทวนเพื่อพัฒนากรอบแนวคิดโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเชื่อมโยงหลักการเพื่อการอภิบาลที่ดี โดยเฉพาะอย่างยิ่งการดำเนินงานตามขั้นตอนหลักของการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพโดยผ่านกลไกที่จำเพาะเจาะจง ต่อมาจึงมีการจัดประชุมนักวิจัยโครงการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพและการประชุมผู้มีส่วนได้ส่วนเสียเพื่อตรวจสอบและนำข้อเสนอแนะมาปรับปรุงทั้งหลักการและกลไกภายใต้กรอบแนวคิดที่พัฒนาขึ้น การมีทั้งกรอบแนวคิดและการมีส่วนร่วมของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียก่อให้เกิดประโยชน์สำหรับการพัฒนาคู่มือเล่มนี้เพื่อให้มีความสอดคล้องกับวัตถุประสงค์ ท้ายที่สุดคู่มือการดำเนินงานวิจัยด้านการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพจะถูกเผยแพร่ผ่านสื่อทั้งสิ่งพิมพ์และอิเล็กทรอนิกส์ในวงกว้างสำหรับกลุ่มเป้าหมาย เช่น ผู้วางแผนนโยบาย หน่วยงานประกันสุขภาพและบุคลากรสาธารณสุข โดยสรุป คู่มือการดำเนินงานวิจัยด้านการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพคาดว่าจะก่อให้ประโยชน์ทั้งภายในโครงการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพและองค์กรภายนอก รวมทั้งสร้างความเข้าใจและความไว้วางใจให้กับโครงการการประเมินเทคโนโลยีและนโยบายด้านสุขภาพมากขึ้น จนนำไปสู่​​การพัฒนาที่มีประสิทธิภาพและมีความสม่ำเสมอมากขึ้น นอกจากนี้ยังเป็นประโยชน์สำหรับนักวิจัยและผู้กำหนดนโยบายจากหน่วยงานอื่นๆ ในประเทศไทยและหน่วยงานอื่นๆ ที่สนใจการสร้างระบบการประเมินเทคโนโลยีด้านสุขภาพ