ดังที่ยอมรับกันโดยทั่วไปว่า การประเมินทางเศรษฐศาสตร์เป็นเครื่องมือชนิดหนึ่งในการตัดสินใจตั้งแต่การปฏิบัติงานระดับต่างๆ จนถึงการบริหารงานเชิงนโยบายในระดับชาติ แต่ในการดำเนินการประเมินผลก็พบว่ามีปัญหาอุปสรรค (hurdles) หลายประการ รวมทั้งในการประเมินต้นทุนด้วย ปัญหาในการประเมินต้นทุนที่เป็นข้อโต้แย้งที่ยังหาข้อสรุปไม่ได้ (controversial issues) อาจแบ่งได้เป็น 3 ประเด็น ได้แก่ แนวคิด (concepts) วิธีการ (methods) และการกำหนดค่าอ้างอิง (reference values) ที่ใช้ในการ วิเคราะห์ ด้วยเหตุนี้เมื่อพิจารณาเปรียบเทียบผลการวิเคราะห์ต้นทุน ผลลัพธ์ที่แตกต่างกัน อาจไม่ได้เกิดจากปริมาณทรัพยากรที่ใช้แตกต่างกัน แต่เป็นผลมาจากการใช้แนวคิด วิธีการคำนวณ และค่าอ้างอิงที่แตกต่างกัน เหตุการณ์เช่นนี้ได้มีหลักฐานเชิงประจักษ์ใน ประเทศไทย โดยการวิเคราะห์ต้นทุนที่โรงพยาบาลอำเภอขนาด 60 เตียง พบว่าการคำนวณต้นทุนค่าลงทุนต่อปีด้วยแนวทางอิงหลักการทางบัญชี accounting-based approach) จะได้ต้นทุนน้อยกว่าการคำนวณโดยแนวทางอิงหลักเศรษฐศาสตร์ (economic-based approach) 934,648 บาท (ค่าเงินในปี 2545) มูลค่าที่แตกต่างคิดเป็นร้อยละ 13 ของการคำนวณที่อิงหลักเศรษฐศาสตร์ การเปลี่ยนอัตราลดจากร้อยละ 3 เป็นร้อยละ 6 ทำให้ค่าลงทุนเพิ่มขึ้น ร้อยละ 4.8 ข้อมูลที่ใช้ในการวิเคราะห์ทางเศรษฐศาสตร์ แม้ว่าโดยหลักการแล้วต้องใช้ต้นทุนทางเศรษฐศาสตร์ แต่ในทางปฏิบัติก็มีการใช้ต้นทุนประเภทอื่นๆ เป็นตัวแทนได้ ได้มีการสรุปแหล่งข้อมูลต้นทุนไว้ดังนี้ 1) การคำนวณต้นทุนโดยตรง (direct measurement of costs) 2) การใช้ข้อมูลต้นทุนทางบัญชี (cost accounting methods) 3) การใช้ข้อมูลต้นทุนต่อหน่วยมาตรฐาน (standard unit costs) 4) การใช้ข้อมูลค่าบริการที่จ่ายจริง (fee; actually paid prices) บัญชีรายการราคา (charges; listed prices) หรือ ราคาตามท้องตลาด (market prices) 5) การใช้ข้อมูลจากการประมาณการณ์ (stimates/ extrapolations) การคำนวณต้นทุนโดยตรง จะได้ข้อมูลที่ถูกต้องที่สุด (บนข้อสมมุติว่าวิธีวิทยาเหมาะสม) โดยทั่วไปนิยมใช้ต้นทุนจากการคำนวณโดยตรง หรือต้นทุนต่อหน่วยมาตรฐาน แล้วแต่วัตถุประสงค์ว่า จะใช้ผลการวิเคราะห์ในระดับองค์กรหรือระดับชาติ ในกรณีที่ไม่มีต้นทุนต่อหน่วยมาตรฐาน อาจใช้วิธีอื่นๆ โดยเลือกตามความเหมาะสมของวัตถุประสงค์และข้อจำกัดของแต่ละโครงการการคำนวณต้นทุนเป็นขั้นตอนสำคัญหนึ่งในการประเมินเทคโนโลยีทางด้านสุขภาพ ในอดีตที่ผ่านมา การประเมินเทคโนโลยีทางด้านสุขภาพในแต่ละครั้ง นักวิจัยจะทำการเก็บข้อมูลและคำนวณต้นทุนเป็นครั้งๆ ทั้งที่ในบางประเภทของต้นทุนสามารถใช้ข้อมูลต้นทุนร่วมกันได้ การจัดทำรายการต้นทุนมาตรฐานทางการแพทย์ และสาธารณสุขจะส่งผลให้ประหยัดเวลาและค่าใช้จ่ายในการวิจัยลดความแตกต่างของวิธีการที่ใช้ในการวิเคราะหต้นทุน ส่งเสริมความสามารถในการเปรียบเทียบผลการวิจัยระหว่างการศึกษา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการประเมินผลทางเศรษฐศาสตร์เพื่อกำหนดนโยบายระดับชาติ แนะนำให้ใช้ต้นทุนต่อหน่วยมาตรฐานของประเทศ

โครงการมีวัตถุประสงค์เพื่อการพัฒนาวิธีการและเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ต้นทุนต่อหน่วยทางการแพทย์และสาธารณสุข การจัดทำรายการต้นทุนต่อหน่วยมาตรฐานของค่าบริการทางการแพทย์ และจัดทำรายการค่ามาตรฐานพร้อมแหล่งอ้างอิง สำหรับข้อมูลที่จำเป็นในการวิเคราะห์ต้นทุน โดยการศึกษาแบ่งออกเป็น 5 โครงการย่อยได้แก่ 1) การพัฒนาตัวชี้วัดคุณภาพของการวิเคราะห์ต้นทุนและการประเมินการดำเนินงานในอดีต 2) การพัฒนาค่าต้นทุนสัมพัทธ์ของกิจกรรมการบริการสุขภาพ 3) การพัฒนาตัวชี้วัดและการประเมินประสิทธิภาพของโรงพยาบาลและสถานีอนามัย 4) การจัดทำค่ามาตรฐานในการวิเคราะห์ต้นทุน และ 5) การจัดทำรายการต้นทุนมาตรฐานโดยการสร้างแบบจำลองจากสถานพยาบาลที่ดำเนินการอย่างมีประสิทธิภาพ